Kwalifikowaność podatku VAT

Zapłacony podatek VAT może być uznany za wydatek kwalifikowalny wyłącznie wówczas, gdy beneficjentowi ani żadnemu innemu podmiotowi zaangażowanemu w projekt oraz wykorzystującemu do działalności opodatkowanej produkty będące efektem realizacji projektu, zarówno w fazie realizacyjnej jak i operacyjnej, zgodnie z polskimi przepisami podatkowymi, ale także  w oparciu o orzeczenia sądów administracyjnych,  wyroki Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej oraz stanowiska Komisji Europejskiej, nie przysługuje prawo (tzn. brak jest prawnych możliwości) do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego lub ubiegania się o zwrot VAT. Posiadanie takiego prawa (potencjalnej prawnej możliwości) wyklucza uznanie wydatku za kwalifikowalny, nawet jeśli faktycznie zwrot nie nastąpił, np. ze względu na nie podjęcie przez podmiot czynności zmierzających do realizacji tego prawa.

Podstawa prawna oraz materiały informacyjne

• Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług  (tzw. ustawa o VAT)
• Wytyczne w zakresie kwalifikowalności wydatków w ramach Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności na lata 2014-2020
• Załącznik nr 7 Specyficzne wydatki kwalifikowalne i niekwalifikowalne w poszczególnych Działaniach/Poddziałaniach dla Osi Priorytetowych RPO WM do Szczegółowego Opisu Osi Priorytetowych Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Małopolskiego na lata 2014-2020
• Załącznik nr 6 do wzoru umowy o dofinansowanie Projektu
• Rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników, w którym określono metodologię liczenia tzw. prewspółczynników 
• Stanowisko Komisji Europejskiej w sprawie kwalifikowalności podatku VAT - pismo z 14 lipca 2016 r. (.pdf, 194 KB) 
• Ustawa z dnia 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego, która wprowadziła centralizację rozliczeń VAT w jednostkach samorządu terytorialnego 
• Wytyczne Komisji Europejskiej w zakresie kwalifikowalności VAT w ramach Europejskich Funduszy Strukturalnych i Inwestycyjnych (dokument jedynie w języku angielskim)